La recherche active de la qualité dans toutes les activités et à tous les niveaux de l'organisation est à la base de tous les programmes et projets présents et à venir.
Cette qualité optimale est étroitement liée à la politique en matière de sécurité. En effet, seule une prestation de services du plus haut niveau peut garantir une sécurité maximale.
La politique rigoureuse menée par Belgocontrol depuis plusieurs années en matière de qualité s’est traduite en un programme de travail ambitieux impliquant toute l’entreprise et a abouti, en janvier 2004, à l’obtention de la certification ISO 9001 :2000, et ce pour l’ensemble des activités de l’entreprise. Les objectifs principaux sont la satisfaction du client et l’amélioration continue de la qualité.
En juin 2007, Belgocontrol passait l'examen de la recertification ISO 9001:2000 qui consistait en une série d’audits dont les critères revêtaient un niveau d’exigence très élevé. En plus des procédures de travail, les auditeurs se sont aussi attachés à évaluer des éléments moins tangibles, comme l’implication proactive du personnel, son sens des responsabilités, ses contacts avec les tiers (fournisseurs notamment) et son aptitude à poursuivre un but commun, sans cloisonnement entre les départements et services.


